Después de entrar en la inmensa nave de la iglesia, la mayor construida en la Edad Media en Portugal, se sentirá envuelto por la sensación de espiritualidad que resalta de la desnudez de la piedra, propia del gótico primitivo.

Frente al crucero, se encuentran los más bellos sepulcros medievales hechos en Portugal. En el lado derecho, el de Inés de Castro, en el lado izquierdo, el de D. Pedro I. Fue el rey que ordenó que se colocaran así para que, llegado el día de la Resurrección de los Cuerpos, pudiera encontrarse frente a la mujer que tanto amó y que tan cruelmente fue asesinada. Intente leer en las delicadas esculturas que decoran el sepulcro de Pedro, escenas de la vida de esta trágica pasión.

La organización del espacio del Monasterio sigue las normas impuestas por la Orden del Cister, nacida en Francia.

Pasee por las austeras dependencias donde los monjes vivieron cerca de 800 años: el Refectorio, el Dormitorio, la Sala del Capítulo, los Claustros y maravíllese con la monumental cocina donde preparaban los pescados del río... En los azulejos que cubren las paredes de la Sala de los Reyes "lea" la historia de la fundación del Monasterio, en 1153. De este modo sabrá que nuestro primer rey, D. Alfonso Henriques prometió dar a S. Bernardo las tierras de Alcobaza si conquistaba Santarém a los moros. Y allí se quedaron los monjes de hábito blanco, creando en los cotos fértiles una escuela de agricultura que aún hoy se revela en los sabrosos frutos de la tierra.