En el s. XVI, el lugar donde se sitúa la Iglesia quedaba aislado, fuera de las murallas de la ciudad y, por ello, fue elegido para construir el cementerio donde se enterraban a las víctimas de la peste. En 1506, se construyó aquí una ermita dedicada a S. Roque, santo protector de los apestados. Entonces, se instituyó la Hermandad de S. Roque, con estatutos propios, estando apoyada por la casa real, por la nobleza y por el pueblo. En 1553, la Compañía de Jesús se establece en el lugar y ordena la construcción del templo que vemos hoy, con la obligación de mantener la Capilla de S. Roque en el interior.
De fachada austera, de acuerdo con los cánones jesuitas, el interior es sorprendente. Al entrar, nos deparamos con un espacio amplio, de estructura manierista, cuya decoración es el testimonio del mecenazgo real, sobre todo, durante el reinado de D. João V. La combinación del mármol, de la talla dorada, de los lienzos y de los paneles de azulejo contribuye a crear un ambiente escénico, realzado por los juegos de claroscuros manieristas y por los cuidadosos efectos de iluminación.
El plano de la Iglesia se debe a Filipe Terzi, arquitecto real de Filipe II de Portugal y III de España. En el interior, existen muchas obras de gran calidad y valor artístico, entre las cuales destacan la capilla mayor con iconografía representativa de la Compañía de Jesús, las pinturas en perspectiva del techo (1588-89), obra del pintor portugués Francisco Venegas, los paneles de Francisco de Matos en la Capilla de S. Roque datados de 1584 (una de las primeras experiencias de azulejos portuguesas en la técnica de la mayólica), los altares laterales de las reliquias y la capilla de S. João Baptista, de confección italiana.
En 1768, la Compañía de Jesús es expulsada del territorio portugués por carta real. La Iglesia de S. Roque y los respectivos bienes fueron entonces entregados a la Misericordia de Lisboa. Actualmente, pertenecen a la Santa Casa da Misericórdia que los expone en el Museo de S. Roque, junto a la iglesia.
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