Zodra men het middenschip, het grootste dat in de middeleeuwen in Portugal gebouwd werd, betreedt, voelt men zich omgeven door een spiritualiteit, die door de naaktheid van het steen, kenmerkend voor de gotiek, wordt uitgestraald.

Tegenover elkaar staan in het transept de mooiste middeleeuwse grafstenen, die in Portugal gebouwd zijn. Aan de rechterzijde staat het graf van Inês de Castro en links dat van D. Pedro I. De koning heeft deze opstelling bevolen, zodat op de Dag van Wederopstanding hij tegenover de vrouw zou staan van wie hij zo gehouden had en die op brute wijze vermoord was. Probeer ook de tekst op de fijn bewerkte sculpturen van het graf van Pedro te lezen; daar staan scènes beschreven over hun tragische liefdesverhaal.

De plattegrond van het klooster volgt de normen van de in Frankrijk ontstane Orde van de Cisterciënzers.

Loopt u door de sobere bijgebouwen, waar de monniken ongeveer 800 jaar leefden: de eetzaal, de slaapzaal, de kapittelzaal en de kruisgangen. U zult uw ogen uitkijken in de monumentale keuken, waar vroeger de vis uit de rivier bereid werd. "Lees" op de tegels die de wanden van de koningszaal bekleden de geschiedenis van de oprichting van het klooster in het jaar 1153. Daarop kunt u zien dat onze eerste koning, Afonso Henriques, beloofde de heilige Bernhard de landerijen van Alcobaça te geven, als het hem zou lukken Santarém op de Moren te heroveren. En de monniken met de witte habijten bleven daar en stichtten op de vruchtbare gronden een landbouwschool, waaraan smakelijke vruchten tegenwoordig nog herinneren.