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Unter dem Namen Oliastrum wurde Azambuja von den Römern gegründet und später von Mauren besetzt, die der Ortschaft den Namen Azzabuja gaben, was auch der etymologische Hintergrund für den heutigen Namen ist. Im 12. Jahrhundert vertrieb König D. Sancho I. mit Hilfe von Kreuzrittern aus Flandern die Mauren aus dieser Gegend und übergab die Ländereien einem der flämischen Edelmänner als Dankbezeugung für die bei der Rückeroberung bereitgestellte Hilfe.

Das Stadtrecht wurde der Ortschaft im 13. Jahrhundert zuerkannt und im 16. Jahrhundert durch D. Manuel I. erneut bestätigt. Während dieser Zeit erfreute sich Azambuja einer großen Ausdehnung und man datiert die Mutterkirche und die Kirche der Misericórdia auf diese Epoche. Später, im 18. Jahrhundert, begann man mit dem Bau des Palácio das Obras Novas, der auch als Herberge und Haltestation für Dampflokomotiven diente, die zwischen Lissabon und Constância verkehrten.

Gegenwärtig ist Azambuja eine in großzügigem Wachstum begriffene Ortschaft, wobei sie von ihrer privilegierten Lage nahe der Autobahn und der Nordeisenbahnlinie (die hier eine moderne Haltestation besitzt) profitiert.