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Situé sur les rives du fleuve Douro, São João da Pesqueira doit son nom à une lagune naturelle où abondent plusieurs espèces de poissons, qui transforment l'espace en un paradis pour pêcheurs et c'est pour cette raison qu'ils l'appelèrent "pesqueira" (pêcherie).

Cette lagune était formée de roches qui barraient le fleuve, déviant son cours vers une chute d'eau connue sous le nom de Cachão da Valeira, décor de plusieurs naufrages. Le parcours accidenté et traître du fleuve Douro fut réprimé par les barrages construits au XXe siècle.

Dans la région démarquée du Douro, le paysage est à cet endroit marqué par de vastes vignobles et adopte des contours véritablement éclatants, qui pourront être admirés dans toute sa plénitude à partir du Sanctuaire de São Salvador do Mundo ou du Monte de Frágua.